宏基因測序
宏基因組學(Metagenomics),又稱元基因組學,是以特定生境中的整個微生物群落作為研究對象,無需分離培養,直接提取環境樣本DNA進行測序,研究環境微生物的群落結構、物種分類、系統進化、基因功能及代謝網絡等,已廣泛應用于微生物領域。
?適用范圍
1. 環境領域:霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環境等;
2. 生物能源:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的開發;
3. 醫學領域:代謝病、腫瘤癌癥等;
4. 農業領域:根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等;
5. 畜牧領域:腸道、瘤胃(如產甲烷菌類群)與動物健康/營養消化研究等;
6. 特殊極端環境:極端環境條件下的微生物類群研究。
?實驗流程?
?樣品要求:
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送樣要求 | 環境樣本:土壤:3g;糞便:200mg ;污泥/沉積物:3 g;血液:2 mL;液體:25mL。 DNA:總量 ≥ 1 μg、濃度 ≥ 10 ng/μL、1.8 < OD260/280?< 2.0。瓊脂糖電泳條帶清晰無顯著降解。 |
平臺選擇 | Illumina PE100/125/150 |
推薦測序量 | 腸道/糞便 >6G;水體6-8G;土壤/污泥 > 8G |
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?生信分析: